IDaaS（IDentityasaService）が便利な仕組みですが、利用にあたっては留意点もあります。これは様々なシステムに対するIDやパスワード管理をクラウド上で提供するサービスですが、実際に利用している全てのシステムに対応しているとは限りません。もし対応していない場合には、従来どおりIT担当者や個々の社員が自分自身で管理しないといけなくなります。相当に特殊な状況に限られるかもしれませんが、もしそのような非対応のものが多い場合には、IDaaS（IDentityasaService）の仕組みを導入する価値はかなり限定的となり、コストに見合わないものになるかもしれません。
IDaaS（IDentityasaService）以外のクラウドサービスには共通して当てはまることですが、自分たちの会社に特有の状況があるようなときであってもカスタマイズが行いにくい点もデメリットです。また、複数のシステムをまとめて管理するのは基本的には業務量の軽減になることは間違いありませんが、万が一何か問題とか支障が発生したような際には影響が大きくなってしまうことが考えられます。それらの全てのシステムに対して、アクセスできなくなってしまったりする可能性があるためです。ですので、信頼性の高いベンダーを選定することや、本当に自社に合っているものかどうかを確実にチェックしてから本格導入するようにしたほうが良いでしょう。